Năm 1805, Đệ Nhất Đế Chế Pháp, dưới sự chỉ huy của Napoleon Bonaparte, đang thống trị vùng đất liền Châu Âu, trong khi đó, Hải quân Hoàng Gia Anh giành quyền thống trị trên biển. Trong thời gian xảy ra Chiến tranh Liên minh lần ba (1803 - 1806) hải quân Anh liên tiếp chặn đường tiếp tế của quân Pháp trên biển. Tuy vậy, mặc dù quân Anh cố gắng để phong tỏa đường tiếp tế quân Pháp, họ lại phải nhận thất bại và mặc cho quân Pháp chi viện vào đất liền dễ dàng.

Khi Liên quân Thứ Ba giao chiến với Pháp, sau Hòa ước Amiens không lâu trước đó, Pháp đầu tiên quyết định tấn công Anh trước. Để thực hiện được mưu đồ, Napoleon phải tiêu diệt Hải quân Anh để giành quyền kiểm soát vùng biển Anh, và đồng thời dập tắt vị thế của người Anh trên biển.

Lực lượng hải quân chính của Pháp nằm ở Brest tại Brittany và cảng Toulon trên vịnh Địa Trung Hải. Pháp có thêm vài đội tàu nhỏ trên các đảo rải rác khắp Đại Tây Dương. Vì Tây Ban Nha khi đó là đồng minh của Pháp, nên hải quân Tây Ban Nha đóng quân tại cảng Cadiz và Ferrol cũng được tính vào.

Hải quân Anh sở hữu một lực lượng mạnh, nhiều chỉ huy dày đặc kinh nghiệm trận mạc, và sở hữu một trong những tàu chiến mạnh nhất thế giới thời đó: tàu Chiến Thắng (HMS Victory) là tàu hạng Nhất 104 pháo. Có một số chỉ huy Pháp thuộc hàng "giỏi nhất" thời đó bị xử tử hoặc bị giáng chức trong thời kì Cách mạng Pháp (1789 - 1799) nên đó là một sự tương phản so với các chỉ huy Anh.

HMS Victory tại Portsmouth, Anh. Từ những năm 1900, con tàu được trùng tu và biến thành bảo tàng nổi. Đây là một trong những con tàu chiến gỗ già nhất còn tồn tại. Ảnh chụp năm 2015

Kế hoạch của Napoleon cho cuộc chiến năm 1805 là: Hạm đội Liên Minh (Pháp và Tây Ban Nha) di chuyển từ Cadiz (TBN) và Toulon (Pháp) rồi hội quân tại biển Ca-ri-bê rồi quay lại hỗ trợ cho quân Pháp ở Brest, sau đó tiến công quân Anh để phá thế kìm kẹp, từ đó làm suy yếu quân Anh, và cuối cùng tiệu diệt hạm đội Anh, vừa giành được bờ biển Anh, vừa làm "triệt sản" Hải quân Anh và làm đơn giản hóa cuộc xâm lược Anh khi chúng không có Hải quân.

Truy đuổi Villeneuve

Đầu năm 1805, để ngăn chặn cuộc hội quân của Pháp và TBN, Nelson chỉ huy hạm đội Anh chặn đường quân Pháp ở Toulon. Tuy nhiên, thay vì chạm trán quân Pháp trực tiếp trên biển, hạm đội của ông lại gặp một trận bão lớn, quân Pháp thì thoải mái rời Toulon. Nelson nghĩ rằng quân Pháp sẽ vượt qua Địa Trung Hải, sang Ai Cập để nhận tiếp tế nên cho hạm đội đi tới. Nhưng ông đã sai. Villeneuve cho quân vượt khỏi eo biển Trafalgar, và tới Ca-ri-bê theo kế hoạch. Khi nghe tin Pháp đã vượt Đại Tây Dương, Nelson chấm dứt cuộc truy đuổi trong thất vọng.

Trận Finisterre và Quân Liên minh tại Cadiz

Quân Liên minh giao chiến với quân Anh tại vịnh Finisterre (22 tháng 7 năm 1805) Đây là một thắng lợi chiến lược cho Anh

Sau khi hội quân thành công, hạm đội Liên minh quay về Brest để hỗ trợ phá vây theo kế hoạch đề ra. Tuy nhiên vào ngày 22 tháng 7, tại Finisterre, một hạm đội 15 tàu Anh do tướng Robert Calder chỉ huy chặn đường. Hai bên giao chiến với nhau. Cuối cùng mặc dù bất phân thắng bại, nhưng xét về mặt chiến lược, đây là thắng lợi quan trọng cho Anh. Quân Anh chỉ mất 198 người, trong khi đó, quân Liên minh mất 647 người, 1.200 người bị bắt. Trong số 20 tàu quân Liên minh tham chiến, 2 tàu bị bắt giữ.

Sau trận đánh, Villeneuve phải quay về cảng Ferrol ở Bắc Tây Ban Nha thay vì sang Brest để hỗ trợ cho Đô đốc Gantheaume. Sau đó, Villeneuve trở lại Brest theo lệnh của Napoleon như trong kế hoạch. Việc Villeneuve cho quân sang Ferrol thay cho Brest đã được Napoleon miêu tả trong một câu nói:

"Nếu Villeneuve tới Brest thay vì Ferrol, và hỗ trợ cho tướng Gantheaume cùng với quân TBN theo sau,ta đã có thể chiếm được nước Anh, và mọi thứ sẽ kết thúc với người Anh." (Ngày 8 tháng 9 năm 1815)

Tại Boulogne, Pháp, Napoleon có một lực lượng hải quân lớn, với 33 tàu Liên minh của Villeneuve, 21 tàu của Gantheaume tại Brest và 5 tàu dưới quyền Thuyền trưởng Allemand, tổng cộng 59 tàu. Riêng quân Villeneuve, hắn ta sở hữu con tàu chiến lớn nhất thế kỉ 18: Nuestra Senora de la Santissima Trinidad (hạng Nhất, bốn boong, 140 pháo) Nó được coi là một nỗi khiếp sợ - theo đúng nghĩa đen cho thế giới mà các kĩ sư Tây Ban Nha tạo ra.

Villeneuve lúc này vẫn bị Napoleon thúc giục sang Brest hỗ trợ phá vây. Tuy nhiên, hắn lo sợ rằng quân Anh cử gián điệp đến để do thám lực lượng của mình, nên vào ngày 11 tháng 8, Villeneuve đem quân sang Cadiz ở vùng bờ biển Tây Nam Tây Ban Nha. Không có bóng dáng quân Liên minh, ngày 25 tháng 8, ba quân đoàn Pháp "cô đơn" từ Boulogne bắt đầu xâm lược Đức. Đây là mối đe dọa cho cuộc viễn chinh Anh của Napoleon.

Một góc cảng Cadiz ngày nay. Trước đây, năm 1805, Villeneuve chọn cảng này làm trụ sở trước trận Trafalgar

Cùng tháng đó, tại Anh, sau 2 năm lênh đênh trên biển, Nelson trở về nước Anh. Trong 25 ngày ở quê nhà Anh quốc, ông được nhân dân thiết đãi nồng ấm. Ngày 2 tháng 9, Nelson nghe tin Villeneuve đã cập bến Cadiz. Mặc dù tình thế rất gấp, Nelson phải đợi đến ngày 17 tháng 9 khi tàu HMS Victory của ông sẵn sàng giương buồm.

Ngày 15 tháng 8, Cornwallis tách 20 tàu từ lực lượng bảo vệ biển Anh và chạy về phía Nam để giao chiến với quân địch tại Cadiz, khiến lực lượng phòng thủ Biển Anh quốc bị sụt giảm chỉ còn 11 tàu. Lực lượng của Cornwallis trở thành trung quân của Anh trong trận Trafalgar. Hạm đội này sau đó dưới quyền của Robert Calder tới được Cadiz vào ngày 15 tháng 9. Ngày 28 cùng tháng, quân của Nelson tập hợp để lên chỉ huy hạm đội.